Prokazatelné osídlení plochy města se datuje od počátku neolitu (6.–5. tisíciletí př. Kr.). Bohaté archeologické nálezy dokládají, že se zde vystřídala řada pravěkých kultur. Slovanské osídlení se datuje od 9. století. Pravděpodobným centrem se stal Hrádek, který je v 10. století tradičně spojován se Slavníkovci. V 11. století se Hrádek stal přemyslovským správním hradištěm a centrem přemyslovské provincie.
Královské město Čáslav vzniklo okolo poloviny 13. století za vlády Přemysla Otakara II. při jedné z hlavních zemských stezek spojujících Čechy s Moravou. Dodnes je patrný gotický vnitřní půdorys – velké centrální náměstí, kterému dominuje radnice a pravoúhlá uliční síť. Město bylo po svém založení vybaveno základními právy, které z něj učinily samostatnou obec.
Církevní život byl spojen s farním kostelem sv. Petra a Pavla. Stavba raně gotického svatostánku byla zahájena na konci 13. století a byl do ní začleněn románský kostel sv. Michala z 11. století (dnešní sakristie), který zde stál původně.
Městský areál byl vymezen hradbami, zachovanými v jedné třetině jejich délky. Do města se vcházelo čtyřmi branami. Ojedinělou památkou čáslavského gotického opevnění je válcová tzv. Otakarova věž, která stávala při Brodské bráně.
Po vypuknutí husitského hnutí setrvala Čáslav na Zikmundově straně. Po jarní ofenzívě husitů v r. 1421 přešlo město na jejich stranu. V červnu 1421 se sešel v děkanském chrámu sv. Petra a Pavla zemský sněm, který vstoupil do dějin jako čáslavský. Ustavil mimo jiné dvacetičlennou zemskou vládu, do které byl zvolen i Jan Žižka. Ostatky slavného husitského vojevůdce se našly v roce 1910 ve výklenku podvěžní mariánské kaple.
V 15. a 16. století postihly většinově dřevěné město dva velké požáry. V roce 1452 vyhořela polovina města, v roce 1522 skončilo v plamenech skoro celé město.
Po tomto požáru však došlo ke kulturnímu a hospodářskému vzestupu Čáslavi a k rozvoji stavební činnosti, které přerušily až události třicetileté války. Především dva švédské vpády v letech 1639 a 1643 způsobily, že se Čáslav stala nejen městem pustým, ale navíc do 18. století silně zadluženým.
V 18. století platí Čáslav za významné správní centrum, sídlo krajského úřadu (1715), pošty, vojenské posádky. Novodobým stavebním ruchem na začátku 19. století byl do značné míry setřen původní renesanční a barokní charakter obce.
V polovině 19. století získala Čáslav postupně také úřady s okresní působností a začaly zde vznikat i některé vyšší vzdělávací ústavy (gymnázium, odborné školy). Ve druhé polovině 19. a na začátku 20. století byly zakládány hospodářské a peněžní ústavy (např. městská spořitelna, živnostenská záložna, hospodářské družstvo), dál elektrárna, plynárna aj. Dochází i k nové výstavbě ve městě – a to především budov pro správní a školské účely. Od roku 1960 přestala být Čáslav okresním městem, zůstala však přirozeným spádovým centrem.
V roce 2003 se stala tzv. pověřenou obcí III. stupně, což znamená, že se určité pravomoce bývalého Okresního úřadu v Kutné Hoře opět přenesly sem.